故事描述了地球突然出现总称为“龙”的怪物，从此世界为之一变，终于人类之中也诞生拥有龙之力，并称之为“D”的异能少女们。某一天，世界唯一的男性“D”物部悠，带著一张调职令，来到聚集了全世界的“D”的学园米德加尔。在那里，他目睹了银发少女伊莉丝·弗蕾亚的身体，又与三年前分离的妹妹物部深月再会，就此展开了全新的学生生活。