在遥远的未来，海贼船是一种被认可的私掠船。在这样的时代中，女高中生茉莉香一边在参与宇宙巡航部的活动，一边在咖啡厅打工。某天，一对男女突然出现在她的面前，自称是茉莉香已逝的父亲的部下，邀请她担任宇宙海贼船“弁天号”的船长。根据在一个世纪前的独立战争中发行的“私掠船只执照”，失去了船长的海贼船，其继承权将由船长的直系子孙获得。踏入无法预料的新生活的茉莉香，在前方等待她的究竟是……